项目组织机构的本能机能部分和企业的本能机能部分相对应，多个项目与企业本能机能部分连系成矩阵外形的组织机构。智能原则与对象原则相连系，既阐扬项目组织的横向优势，又阐扬智能部分的纵向优势。企业本能机能部分是永远性的，项目治理组织机构是姑且的。本能机能部分负责人对介入项目治理班子的成员有调动、考查和营业指点的责任；项目司理则将介入项目组织的人员有用地组织起来，进行项目治理的各项工作。项目治理班子成员接管企业原本能机能部分负责人和项目司理的两重安博体育带领。本能机能部分偏重营业带领，项目司理偏重行政带领。项目司理对介入项目组织的成员有利用、赏罚、补充、更调或解雇的权力。